O IDUS é composto de alguns departamentos, e outros a serem criados caso seja necessário.

Superintendência
Depto. Administrativo
Depto. Financeiro
Depto. Técnico
Depto. Jurídico
Depto. De Marketing
Centro de Atendimento a População
Depto. De Serviços Gerais
Centro de Estudos e Pesquisas
Depto. De Relacionamento
Centro de apoio e criação de programas sociais.
Controle das Unidades Executoras.